O exame físico geral deve ser feito com muita atenção, uma vez que as doenças sistêmicas repercutem, muitas vezes, de maneira expressiva no trato reprodutor. O exame da genitália, ao lado de fornecer novos elementos diagnósticos, complementa e dimensiona mais apropriadamente os dados da anamnese. Os parâmetros mais importantes a serem verificados neste exame são:

Virilização do paciente: a presença de caracteres sexuais primários e secundários do sexo masculino identifica ação androgênica adequada. A ausência dessas características pode resultar da falta de produção de testosterona pelo testículo, por deficiência de estímulo da hipófise (pan-hipopituitarismo, hiperprolactinemia etc.) ou por processo primário no testículo (síndrome de Klinefelter). Na síndrome de resistência aos androgênios a produção pode ser normal, e a ausência de receptores é responsável pela falta de virilização.

Testículos: o volume dos testículos reflete a altura do epitélio seminífero, de modo que se houver alguma redução no epitélio germinativo, os diâmetros testiculares estarão reduzidos, como pode ocorrer após orquite viral, por exemplo. Espera-se que os diâmetros longitudinal e transversal do testículo sejam de 4,5 x 3,5 cm, ou que o volume testicular seja de pelo menos de 15 a 20 ml no adulto. Além disso, também é esperado um certo grau de simetria em relação à forma e diâmetros dos dois testículos, o que pode não ocorrer na criptorquidia, mesmo corrigida, e na varicocele, por exemplo. A consistência dos testículos é normalmente diminuída antes da puberdade. No adulto, sua diminuição indica redução concomitante da espermatogênese, com substituição das células germinativas por líquido tubular, de menor consistência, como ocorre na parada de maturação ou na aplasia germinativa. Por outro lado, os testículos podem ter sua consistência aumentada, como ocorre na síndrome de Klinefelter.

Epidídimos: sua exploração pela palpação permite localizar defeitos na cabeça, corpo e cauda. Particular atenção deve ser dada ao exame da junção entre o epidídimo e o deferente, sede freqüente de anomalias congênitas ou infecciosas que podem implicar azoospermia. É freqüente o encontro de dilatações císticas na cabeça do epidídimo, quase sempre sem relação com a fertilidade do indivíduo. Por outro lado, aumentos globais do epidídimo podem levantar a suspeita de doença obstrutiva, especialmente se forem unilaterais.

Ductos Deferentes: apresentam-se com consistência firme e diâmetro entre 2 e 3 mm. Devem ser palpados em toda a extensão intra-escrotal para se verificar a homogeneidade do seu calibre e a simetria entre os dois ductos. Atrofia ou ausência do duto pode ser acompanhada de atrofia do epidídimo homolateral, evidenciando alteração de desenvolvimento dos canais de Wolff.

Escroto: é particularmente importante no diagnóstico da mais freqüente alteração testicular com importância na fertilidade, a varicocele. Os achados da manobra de exposição do plexo pampiniforme devem ser vistos com reservas em indivíduos com escroto pequeno ou examinados em ambientes com temperatura baixa, quando o dartos e o cremaster retraem os testículos e o escroto. Freqüentemente, a varicocele, embora não-visível ou palpável, pode ser evidenciada pelo esforço produzido pela manobra de Valsalva. Recomenda-se o exame em ambiente aquecido, com o paciente em pé.

Pênis: devem ser avaliados tamanho da haste peniana, posição do meato uretral e presença de placas ou nódulos.